编号 zgly0001496990

文献类型 期刊论文

文献题名 一个园艺植物基因组序列和注释的在线批量实时提取平台

作者 张长青  上官凌飞  李海玲  王进 

作者单位 金陵科技学院园艺学院  南京农业大学园艺学院  南京大学生物化学系 

母体文献 植物学报 

年卷期 2015年03期

年份 2015 

分类号 Q943.2 

关键词 基因组  序列提取  注释提取  生物信息技术 

文摘内容 目前,大量园艺植物基因组测序已经完成或接近尾声,它们的基因组序列和注释数据极大地促进了功能基因组学研究。为给科研人员提供批量下载特定的基因组区段序列和注释平台,笔者开发了一个称为OBRRP的生物信息学工具。OBRRP具有提取葡萄(Vitis vinifera)、桃(Prunuspersica)、草莓(Fragariia vesca)、黄瓜(Cucumissativus)、西瓜(Citrullus lanatus)、番茄(Solanum lycopersicum)、甜橙(Citrus sinensis)、苹果(Malus x domestica)、猕猴桃(Actinidia chinensis)、马铃薯(Solanum tuberosum)、香蕉(Musa acuminata)和拟南芥(Arabidopsis thaliana)12种植物基因组序列及注释数据的功能;同时,也具有扩展到其它Gbrowser浏览器架构的数据库功能。测试结果表明,OBRRP是一个快捷简便的在线、批量和实时提取工具,其登录地址为http://bioinfo.jit.edu.cn/OBRRP/。