编号 zgly0001459998

文献类型 期刊论文

文献题名 甘薯与牵牛EST资源的SSR信息分析

作者 兰孟焦  吴问胜  王瑞珍  赵朝森  赵现伟 

作者单位 江西省农业科学院作物研究所 

母体文献 植物遗传资源学报 

年卷期 2013年05期

年份 2013 

分类号 S531 

关键词 番薯属  甘薯  牵牛  EST  SSR信息 

文摘内容 为挖掘番薯(Ipomoea)属EST-SSR资源,从NCBI数据库下载23406条甘薯(Ipomoea batatas(L.)Lam.)EST和62282条牵牛(Ipomoea nil(L.)Roth)EST,利用生物信息学软件预处理、去冗余、拼接后得到12812条无冗余的甘薯EST(6.70Mb)和28422条牵牛唯一序列(17.19 Mb)。对这些序列进行SSR搜索,在甘薯上获得328个SSR位点,出现频率为2.56%;牵牛上筛选到962个SSR位点,出现频率为3.38%。甘薯和牵牛EST-SSR具有多个共同特征:在SSR位点中,主要是二核苷酸重复类型,其次是三核苷酸重复;在二核苷酸重复中,出现最多的重复基序为AG/CT,其次是AT/AT;在三核苷酸重复中,主要基序是AAG/CCT;SSR位点的长度主要集中在20~22 bp。结果表明,搜索出的EST-SSR重复基序类型丰富、多态性潜能高,具有较高的开发和利用价值。