编号 zgly0001496103

文献类型 期刊论文

文献题名 萝卜叶绿体及线粒体基因组测序与组装

作者 段乃彬  王俊峰  白静  谢坤  王效睦 

作者单位 山东省农业科学院农作物种质资源中心 

母体文献 分子植物育种 

年卷期 2015年11期

年份 2015 

分类号 S631.1 

关键词 萝卜  线粒体  叶绿体  基因组  测序与组装  Kmer分析 

文摘内容 为从分子水平上探讨萝卜雄性不育机理及育性恢复关系,本研究对4个萝卜雄性不育系及1个雄性不育保持系材料进行了线粒体及叶绿体的基因组测序、组装。测序采用PE90策略,获得Cleandata 1.2 G。通过数据过滤、计算测序深度及Kmer频度分析,确定了组装的mer值及覆盖度参数。我们先用Cleandata组装叶绿体基因组,再用过滤的数据组装线粒体基因组,最后利用Sanger测序填补Gap得到各基因组全长。结果表明参试样品萝卜叶绿体基因组长度在153 352~153 445 bp之间,线粒体基因组长度在239 696~258 853 bp之间,均包括1个LSC,1个SSC及1对反向重复序列?；蜃⑹徒峁砻饕堵烫寤蜃楸嗦肓?7个蛋白基因、20个t RNA基因及4个r RNA基因,线粒体基因组则编码了82个蛋白基因,17个t RNA基因及3个r RNA基因。