编号 zgly0001527649

文献类型 期刊论文

文献题名 基于桤木属转录组测序的SSR分子标记的开发

作者 饶龙兵  杨汉波  郭洪英  段红平  陈益泰 

作者单位 中国林业科学研究院亚热带林业研究所  四川省林业科学研究院  云南农业大学资源与环境学院 

母体文献 林业科学研究 

年卷期 2016年06期

年份 2016 

分类号 S792.14 

关键词 桤木属  转录组  SSR  引物 

文摘内容 [目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主?；阼缒臼糇甲樾蛄械腟SR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。