编号 zgly0001655056

文献类型 期刊论文

文献题名 基于转录组数据的黑腹胃蝇微卫星位点信息分析

作者 陈亘浓  黄河清  张博茹  张科  马新平  李凯 

作者单位 北京林业大学自然?；でг?ensp; 秦皇岛林业局  新疆野马繁殖研究中心 

母体文献 环境昆虫学报 

年卷期 2018年06期

年份 2018 

分类号 Q963 

关键词 黑腹胃蝇  转录组  高通量测序  微卫星 

文摘内容 黑腹胃蝇是中国新疆荒漠地区马科动物马胃蝇蛆病最主要的病原体。本研究基于已获得的黑腹胃蝇的转录组数据,利用MISA软件(1. 0版)对黑腹胃蝇转录组中1 kb以上的Unigene进行SSR位点分析。在黑腹胃蝇转录组25 847条Unigenes中筛选得到SSR总数为12 187个,存在于8 037条Unigenes当中,出现频率为31. 09%。微卫星的序列中单碱基(38. 39%)和三碱基(33. 45%)为优势重复类型。研究共发现103种重复基元,出现最多的为A/T (37. 52%),其次是AC/GT (13. 10%)。由三碱基构成的SSR基元占比较多,分别为15 bp (20. 94%),12 bp (14. 48%)和18 bp (14. 01%)。本研究是黑腹胃蝇开发EST-SSR的基础研究,为黑腹胃蝇的遗传多样性分析、变异水平分析和功能基因发掘奠定基础。